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By noon, the man had called his wife twice.

例えば、午後のある時点で、妻にまた電話しようとしている男性を見て、"By noon, he had called his wife twice." と言えば、「お昼までに彼は（もう）二度、奥さんに電話をしてるんだよ」という意味合いになります。ポイントはお昼を基準にして、その以前に関心が置かれているということです。